Début du XVe siècle, il est fait mention d'un orgue dans la cathédrale de Bourges.Un autre instrument le remplace en 1487-88.Un petit orgue est installé au portail nord dans une arcature du triforium.
En 1506, il y a donc 2 orgues nommées les grosses orgues et les petites orgues.
Le jour de Pentecôte 1599, le feu dévaste la charpente des bas-côtés et le petit instrument.
En novembre 1597, marché est passé avec Jean JALLON, en juillet 1598, Gabriel GUYOTON dresse l'échafaudage et le charpentier Jean PINARDEAU s'occupe de la belle et originale tribune que nous connaissons puis rajoute les deux tourelles qui auraient dû recevoir des tuyaux de pédale de 32 pieds. La réception de cet orgue eut lieu le 18 janvier 1599 .
En 1609, Antoine JOLY effectue une réparation coûteuse.
En 1613, Jacques SENOT installe un nouveau sommier de 10 jeux pour 1200 livres tournois.
Afin d'agrandir l'orgue le Chapitre invite en août 1663 le facteur Guy JOLY qui le 17 septembre remet son "devis du nombre de jeux pour faire une orgue de seize pieds", pour un prix de 7500 livres tournois.
Bernard PERRAIT ajoute un positif sur la tribune existante. Joly décède en octobre 1664, il est remplacé par le parisien Pierre CAUCHOIS selon un contrat passé le 2 janvier 1665. Le 13 août 1665, Cauchois propose un ajout accepté.
L'expertise de cet instrument a lieu en septembre 1668 par Nicolas LEBEGUE qui demande quelques modifications et Cauchois reçoit quittance définitive le 12 novembre suivant.
Pendant la Révolution, Jean-Baptiste BALLAND, alors en poste, propose de tenir l' orgue pour rehausser les cérémonies civiques, ainsi il le sauvera de la destruction.
En 1818, le Chapitre fait appel au célèbre Pierre-François DALLERY pour "reconstruire à neuf" l'instrument pour Pâques 1820. Dallery terminera les travaux en février 1821. Balland est remplacé par Salvator DANIEL qui tint l'orgue de 1822 à 1843. En 1824/25, celui-ci put faire réviser l'instrument par Louis CALLINET.
Un jeune Berruyer, A-M. BRUNEAU, alors en poste, réceptionna un orgue de chœur construit par la Maison DUCROQUET le 18 décembre 1855 .
En 1858, la maison MERKLIN & SCHUTZE obtint un nouveau marché : l'instrument fut inauguré le 30 octobre 1860 par l'organiste de la cathédrale Jules BOISSIER-DURAN.
En 1924, Joseph RICKENBACH installa une traction électro-pneumatique et ajouta 17 registres nouveaux.
Le facteur Victor GONZALES intervint en 1934, le récital d'inauguration fut donné par André MARCHAL le 1er novembre , le titulaire étant Paul CLAPAREDE.
La grande verrière démontée en 1939 pour mettre les vitraux à l'abri fut remplacée par du verre blanc et remontée en 1945. En 1952-54, le grand orgue fut révisé par Robert BOISSEAU pour la maison RTHINGER : le nombre de jeux passa de 51 à 60, la mécanique devint électrique, le gigantisme dépassait tout entendement.
Paul GUILLOUX succéda à Paul Claparède en 1951 et, en 1966, le nouveau titulaire, André PAGENEL fit appel à Marie-Claire ALAIN pour envisager des travaux cohérents, une décision importante fut prise : rendre à cet instrument son caractère classique.
Un contrat fut signé en 1985 avec la Maison Alfred KERN & Fils pour la restauration de l'orgue et avec l'Entreprise FANCELLI pour celle du buffet, Pierre LEBOUTEUX étant architecte des Monuments historiques, le tout pour un montant de 4 500 000 FF.
Daniel KERN dirigea entièrement l'entreprise et revint à la conception initiale des facteurs Joly-Cauchois pour le Grand Orgue et le Positif dorsal. Le 3e clavier de Récit reprit les jeux de Dallery. La console fut installée en fenêtre. Le tiers de la tuyauterie date du XVIIe siècle, le 4e clavier d'Echo est neuf. Le buffet a été remis à sa couleur d'origine.
Le nouvel instrument fut inauguré le dimanche 18 mai 1986, monseigneur Pierre PLATEAU bénit l'instrument par des invocations auxquelles répondit l'orgue. L'après-midi, un concert permit d'entendre trois artistes : Manfred BRANDSTETTER (Hanovre), Nicole PILLET-WIENER (St François-de-Sales), Michel CHAPUIS (St Séverin).
Depuis, l'orgue entièrement restauré retentit sous les voûtes de la cathédrale dans toute sa splendeur et pour notre émerveillement.
L'Association des Amis du Grand Orgue de la cathédrale de Bourges fait vivre cet instrument à travers de nombreux concerts et activités.